Los estudios de segundo ciclo en la Facultad de Teología tienen por objetivo plantear de forma sistemática y completa la licencia en Sagrada Escritura. Su programa, pensado idealmente en dos años, desea ofrecer los conocimientos necesarios y la metodología adecuada para trabajar los textos bíblicos, tanto del Antiguo Testamento como del Nuevo Testamento. Los cursos propedéuticos, aparte de la Metodología, presentarán cuestiones de crítica textual, geografía, historia, etc. El estudio del griego y el hebreo hará posible el imprescindible acceso a los textos en sus idiomas originales. Los cursos de exégesis ayudan a profundizar en el análisis científico de los escritos bíblicos. Los cursos de teología bíblica muestran el sentido y el valor de la Escritura para la fe y la reflexión cristiana. Los cursos comunes se ofrecen a todos los estudiantes de licencia de la Facultad y pretenden que el alumno profundice en los ejes transversales de toda la teología, generando un espíritu amplio de diálogo con las demás disciplinas y otras metodologías, y adquiriendo una comprensión más sólida de la exégesis a partir de un trabajo multidisciplinar. Los seminarios permiten iniciarse en el trabajo exegético y decidir el campo preferencial de dedicación personal. En este sentido, el seminario de tesina es el instrumento que debe orientar a los estudiantes en la elección del tema de la tesina y facilitar su redacción. Las tutorías personalizadas quieren ayudar a los alumnos a avanzar con confianza en sus estudios bíblicos con la orientación de los profesores.
