El Departament és la unitat bàsica d’inserció a la Facultat, en la qual es realitza el treball en equip entre els professors, i la col·laboració amb la mateixa Facultat en la investigació i la docència. És, a més, el lloc natural del treball teològic dels alumnes de llicència i doctorat, dels ex alumnes de la Facultat i dels professors d’altres centres docents que busquin en la Facultat una comunitat d’estudis.
Tots els professors han de ser assignats, en principi, a un dels diversos departaments de la Facultat, segons llurs especialitzacions o afinitats (Estatuts, Art. 23). En casos excepcionals un professor pot pertànyer a dos departaments.